回答列挙します
①新生活で、想定外の現実に直面され大変ですね。
②契約時
契約時に、建物の振動についての十分な説明がされていたかどうかがポイントです。過去に同じような問題で、入居者が早期退去等の事実が多発していたとしたら、それを十分説明しておくことが管理会社に求められます。
また振動が頭痛の原因でしたら、不安ですね。頭痛が続くようでしたら、医者にみてもらって、医者の判断も参考にされたらどうでしょうか。
管理会社サイドとしては、ほかの入居者の状況を把握しています。
振動がすべての入居者に影響しているのであれば、何らかの手を打たざるをえないです。たとえば、振動をおさえる工事をするか、建て替える事も含めた検討がオーナーとなされるでしょう。
③管理会社の対応
１、今回の状況をみて、継続的入居が無理と判断すれば、他の管理物件への住み替え
　　提案をする（退去費用、入居費用で譲歩する可能性はあります）
２、正当な手順をふんで契約したと主張する。短期解約での退去で、住み替えも考えると多額な負担をしいられます
３、管理会社がオーナーと相談して、オーナーが今回の状況を理解してもらえるので
あれば、退去費用でゆずってもらえる場合があります。

対応はしてくれている管理会社のようですので、よくお話をされよい方向に進まれるのを祈念します。

回答日：2020/06/07

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