お答えさせて頂きます。
株式会社Ｔ－Ｒｏｏｍの権藤と申します。
ご質問の件ですが、原則としては可能だと思われます。バルコニー部分は共用部分となっておりますので清掃の目的であればオーナー様の建物維持管理の観点から入居者は協力することが必要となってきます。但し、以下の注意が必要です。
1.作業通知などの周知を行わず、部屋に無断で入室する。
2.建物の説明不足による場合。（建物の構造上、改善ができないことも含め排水口の清掃が一定期間毎に必要なため入室をさせてもらう旨の説明を重要事項等で説明を行ってない場合）
1に関しては対応が可能ですが特に2については契約時に説明がない場合には特定の部屋のみの条件のため丁寧な説明が必要だと思われます。
改善をご検討できるのであれば、建築士への相談の上、排水経路を増設することや防水の排水勾配を変える工事など視野にいれることも解決策のひとつではあると思われます。
費用等の問題で当分は現状のままで対応するのであれば、やはり該当のお部屋の方への丁寧な説明を行い協力を頂くことをお勧めいたします。

回答日：

2015/07/17